Kingdom Hearts 2 Final Mix +
Nuovi filmati basati sull'universo di Kingdom Hearts II; alcune coinvolgono Roxas, come una scena che mostra Roxas e Axel parlare a Crepuscopoli con i mantelli dell'Organizzazione. Ci sono anche scene addizionali di Roxas e Riku, tra cui ulteriori dettagli sulla loro seconda battaglia dove Riku prende la forma di Ansem, Cercatore dell'Oscurità, Naminé scompare assieme ad Axel, Riku e Sora parlano prima della seconda battaglia con Xemnas in armatura, Xigbar e Zexion parlano di Xemnas, l'Organizzazione discute dei suoi piani e commenta eventi quali la morte di Axel.
Rivelata l'arma di Zexion: un libro chiamato Lexicon, con cui può intrappolare i nemici in una realtà alternativa.
I membri dell'Organizzazione XIII sconfitti in Kingdom Hearts: Chain of Memories possono essere trovati e sconfitti nei mondi Kingdom Hearts II Final Mix. Ognuno di essi ha stili di combattimento diversi da quelli impiegati in Kingdom Hearts: Chain of Memories. Questi membri sono Vexen, Larxene, Marluxia, Lexaeus, e Zexion.
Una nuova area del Radiant Garden viene resa disponibile, la Caverna del Ricordo. Essa contiene simulazioni di combattimenti (in pratica cloni digitali) di ogni membro dell'Organizzazione XIII. Da non confondere con i combattimenti segreti con i membri dell'Organizzazione eliminati in Kingdom Hearts: Chain of Memories dato che la simulazione permette di affrontare quante volte si vuole qualsiasi membro. La difficoltà delle battaglie è di molto maggiore rispetto ai combattimenti originali, offrendo una sfida al pari dei round bonus della Coppa Paradosso Ade.
E' possibile affrontare il nuovo superboss, Sentimento Persistente, al Castello Disney.
Possono essere affrontati i TREDICI Funghi, una specie di Organizzazione XIII composta da... funghi! Che affronteranno Sora con dei minigiochi.
La battaglia tra Sora e Roxas alla Stazione del Risveglio è ora giocabile.
Un nuovo livello di difficolta, la Modalità Critica.
Una nuova Fusione Turbo, la Fusione Limite, la quale ha abilità dell'originale Kingdom Hearts e Kingdom Hearts: Final Mix, (essenzialmente Incrocio Sonico, Aerocolpo, Arcanum e Lagunarock). Il vestito è esteticamente simile a quello di Sora in Kingdom Hearts e Kingdom Hearts: Chain of Memories. Sbloccabile dopo esser tornati a Crepuscopoli con Sora.
Un nuovo minigioco, Puzzle, con cui sbloccare nuovi oggetti.
Cambiati i colori di molti heartless.
